โคนันได้เผชิญหน้ากับพวกชายชุดดำอีกครั้ง! หนำซ้ำในครั้งนี้ ฝ่ายตรงข้ามยังรู้ถึงตัวตนที่แท้จริงของเขาด้วย!! มีการฆาตกรรมครั้งใหญ่เกิดขึ้นโดยมีเหยื่อผู้เสียชีวิต 6 รายตามจังหวัดต่าง ๆเพวกตำรวจจากหลายท้องถิ่นจึงร่วมมือกันเพื่อสืบคดี โดยได้เชิญโมริ โคโกโร่มาร่วมงานด้วย ทว่าในงานประชุมนั้นเอง โคนันก็สังเกตเห็นว่ามีตำรวจคนหนึ่งเดินขึ้นรถปอร์เช่ 356A สีดำของยินไป! ยิน หนึ่งในพวกชายชุดดำที่กรอกยาพิษ APTX-4869 ลงปากของคุโด้ ชินอิจิจนเขาต้องกลายร่างเป็นเด็กและ.ต้องใช้ชื่อว่า 'เอโดงาว่า โคนัน' นับตั้งแต่นั้นมา! หรือว่าคดีฆาตกรรมต่อเนื่องครั้งนี้จะเกี่ยวข้องกับพวกชายชุดดำ!? โคนันจึงต้องออกสืบสวนคดีนี้โดยที่อีกฝ่ายหนึ่งก็กำลังจะล่วงรู้ถึงตัวตนของเขาด้วย โคนันจะไขคดีนี้และ.เข้าถึงตัวพวกมันก่อนที่ภัยอันใหญ่หลวงจะมาถึงตัวได้อย่างไร!?