ในโลกอนาคตของนครเมโทรซิตี้ เมืองฟ้าอมรบนท้องฟ้า ดร.เท็นมะ นักวิทยาศาสตร์ผู้ปราดเปรื่อง ได้สร้างเจ้าหนูปรมาณูขึ้นมาเพื่อแทนที่ลูกชายที่เขาสูญเสียไป โดยเขาได้ใส่โปรแกรมลักษณะและ.ความคิดที่ดีที่สุดของมนุษย์เข้าไปในตัวเจ้าหนูปรมาณู รวมไปถึงยังได้ประสิทธิ์ประสาทพลังพิเศษเหนือมนุษย์ให้กับเขาด้วย แต่แล้วเมื่อเจ้าหนูปรมาณูไม่สามารถสนองตอบได้ตามความคาดหวังของพ่อผู้เศร้าโศกได้ เจ้าหนูปรมานูโดนไล่ออกจากบ้าน ทำให้เขาต้องเผชิญหน้ากับปัญหาอันโหดร้ายซ้ำซ้อน เขาต้องหัวใจสลายเมื่อรู้ว่าตัวเขาเองคือเหุ่นยนต์ ไม่ใช่มนุษย์จริงๆเ