โดยเรื่องราวเริ่มขึ้น เมื่อเกิดการจารกรรมข้อมูลสายลับในสำนักงานตำรวจญี่ปุ่น โดยมือขวา ของหมาย 2 องค์กรชุดดำ และหลบหนีไปได้อย่างชำนาญ อามูโร่ โทรุ (ตำรวจสายลับ) หรือโค้ดเนม เบอร์เบิ้น และ อากากิ ชูอิจิ (FBI) พยายามขัดขวางจนเกิดเหตุการณ์ระเบิดอย่างรุนแรง ทำให้หญิงสาวปริศนามือขวาของหมายเลข 2 องค์กรชุดดำ ประสบอุบัติเหตุตกลงสะพานไปอย่างไร้ร่องรอย โชคชะตาได้นำมาให้พบพานกัน! ในขณะที่พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำโทโตะได้ทำการตกแต่งใหม่ครั้งใหญ่ ซึ่งพวกโคนันได้มาเที่ยวเยี่ยมชมชิงช้าสวรรค์แบบสองล้อหมุนครั้งแรกของโลกก็ได้พบกับหญิงปริศนาซึ่งได้รับบาดเจ็บหนักเข้าโดยบังเอิญ ดูเหมือนว่าเธอจะสูญเสียความจำอีกด้วย โคนันและขบวนการนักสืบเยาวชนจึงตัดสินใจจะทำให้ควาทรงจำของเธอกลับคืนมา ในขณะเดียวกัน ไฮบาระ ก็รู้สึกถึงความผิดปกติ ว่าผู้หญิงคนนี้มีสีตาซ้ายและขวาไม่เหมือนกัน!