นาร์โคส: เม็กซิโก (Narcos: Mexico) ซีซั่น 2 ยังคงติดตามเรื่องราวของมิเกล อังเคล เฟลิกซ์ กายาร์โด ซึ่งตอนนี้เป็นเจ้าพ่อของแก๊งค้ายาเสพติดแก๊งแรกของเม็กซิโกหรือแก๊งค้ายากัวดาลาฮารา และต้องพยายามควบคุมอำนาจในแก๊ง ขยายอาณาจักรการค้ายา และยอมรับการทรยศและการเสียสละที่ผ่านมาของตนกว่าที่จะได้มาเป็นเอล ปาดริโนในวันนี้ ขณะที่ความขัดแย้งระหว่างแต่ละ พลาซา ในแก๊งเริ่มคุกรุ่นขึ้น

อำนาจในการควบคุมสถานการณ์ของเฟลิกซ์เริ่มเสื่อมถอยลง ในขณะเดียวกันการเสียชีวิตของเจ้าหน้าที่ดีอีเอ กิกิ กามาเรนาด้วยน้ำมือของแก๊งและนักการเมืองกังฉินทำให้เกิดการตอบโต้เม็กซิโกอย่างรุนแรง ปฏิบัติการณ์เลเยนดา ซึ่งนำโดยวอลต์ เบรสลิน เจ้าหน้าที่ดีอีเอหัวรั้นที่ไม่ยึดติดกับกฎเกณฑ์เท่าไหร่ มุ่งที่จะกำจัดเฟลิกซ์ กายาร์โดและลูกน้องระดับสูงของเขา ซึ่งทำให้แก๊งยิ่งสั่นคลอนและระส่ำระสายมากขึ้นไปอีก