ศตายุ (สันติสุข พรหมศิริ) เป็นลูกน้องคนสนิทของ พ.ต.ท.ปฐวี (ทูน หิรัญทรัพย์) และถูกปฐวีสั่งฆ่า แต่ศตายุไม่ตาย ศตายุเก็บความแค้นไว้และรอวันที่ปฐวีได้ลูกสาวคนแรก ศตายุก็มาลักพาตัวลูกสาวของปฐวีไป ทางโรงพยาบาลกลัวความผิดจึงแอบสลับเอาลูกสาวของนายสันต์ซึ่งเป็นชาวไร่มาให้ ทำให้ปฐวีเข้าใจว่าเนติยาคือลูกสาวที่แท้จริง

ศตายุเอาลูกสาวปฐวีไปเลี้ยงและตั้งชื่อเธอว่ามัสยา (อารยา เอฮาร์เก็ต) ศตายุสอนวิชาโจรและการต่อสู้ทุกรูปแบบให้มัสยาเพื่อรอเวลาให้เธอกลับไปฆ่า พ่อของตัวเอง ศตายุตั้งตัวเป็นหัวหน้าโจรใช้ชื่อว่าองค์กรสมิงสา สมิงสาลักพาตัวเด็กกำพร้ามาเลี้ยงจำนวนมากและสั่งสอนให้เป็นโจรคอยออกปล้น ให้กับองค์กร

24 ปีผ่านไปมัสยาเติบโตมากับเพื่อนอีกสามคนในองค์กรสมิงสาคืออัยรา (ซาร่า เล็กจ์) เขมิกา (พรรณชนิดา ศรีสำราญ) และ นัทมน (มณีรัตน์ คำอ้วน) โดยมี ชานนท์ (อภินันท์ ประเสริฐวัฒนกุล) เป็นหัวหน้ากลุ่ม ในวัยเด็กมัสยาถูกส่งไปเป็นลูกบุญธรรมของคนอังกฤษขณะที่อัยราถูกส่งไปเป็นลูกบุญธรรมของรมต.รัสเซีย

ขณะที่มัสยาถูกเลี้ยงให้เป็นโจร เนติยา (พริมรตา เดชอุดม) ก็ถูกเลี้ยงให้เป็นคุณหนูและมีน้องสาวอีกหนึ่งคนคือ นิรดา (ฮารุ ยามากูชิ) แต่ทั้งสองไม่ค่อยถูกกันโดยเฉพาะทั้งสองต่างหลงรักผู้ชายคนเดียวกันคือ สารวัตรสิงหา (ธีรเดช วงศ์พัวพันธ์) ซึ่งเป็นหัวหน้ารักษาความปลอดภัยของนายก มีผู้กองธาวี (ศรัณยู ประชากิจ) และ หมวดเม่น(พีระพันธ์ อารียาพันธุ์) เป็นผู้ช่วย

มัส ยาได้รับคำสั่งให้ฆ่านายกปฐวีในงานแสดงแฟชั่นโชว์ของเนติยา แต่มัสยาทำพลาดเพราะสารวัตรสิงหาเอาตัวเองเข้ากำบังกระสุนให้นายก ทั้งสองจึงห้ำหั่นกันอย่างดุเดือดจนมัสยาเกือบเสียที แต่อัยราเข้ามาช่วยไว้ได้ มัสยาจึงแค้นสิงหาที่ทำให้งานของเธอผิดพลาด

มัสยาหาทางฆ่าสิงหาอยู่หลายครั้งแต่ไม่สำเร็จ ในขณะที่สิงหาก็แสดงความสนใจในตัวเธอโดยไม่รู้ว่าเธอคือโจรสาวที่เขากำลังตามล่า

นายกปฐวีได้รับจดหมายลึกลับว่าลูกสาวของเขาถูกสมิงสาสลับตัวไป นายกจึงมอบหมายให้สิงหาและ นราธิป (วริษฐ์ ทิพโกมุท) ผู้เป็นลูกชายออกติดตามหาความจริงในเรื่องนี้ .. แต่เนติยาแอบได้ยินเรื่องที่นายกพูดจึงสงสัยและสืบหาความจริงจนรู้ว่าตัวเอง ไม่ใช่ลูกสาวของนายกแต่เนติยาไม่บอกใครว่าเธอรู้ความจริง จนกระทั่งสิงหาเดินทางไปพบสันต์ซึ่งเป็นพ่อแท้จริงของเธอและเนติยาแอบติดตาม สิงหาไปแต่สิงหาจับได้ เนติยาขอร้องสิงหาไม่ให้บอกสันต์ว่าเธอคือลูกสาวเพราะเธอรับไม่ได้ที่มีพ่อ เป็นคนธรรมดา

นราธิปบังเอิญไปพบกับอัยราและเกิดปิ๊งจึงพยายามตามตื๊อเพราะคิดว่าอัยราเป็น ลูกสาวรมต.รัสเซีย จนกระทั่งมีงานเลี้ยงต้อนรับรมต.รัสเซีย มัสยาและเขมิกานัทมนปลอมตัวเข้ามาเป็นสาวรัสเซียเพื่อเต้นโชว์ในงานโดยมีอัย ราเป็นตัวนกต่อเอาอาวุธเข้าไปเตรียมไว้ให้ เมื่อมีโอกาสมัสยาจึงยิงนายกปฐวีอีกครั้งแต่ไม่สำเร็จเพราะตำรวจวางแผนรักษา ความปลอดภัยเต็มที่ ทำให้มัสยาถูกสิงหายิงจนบาดเจ็บ

สิงหาสงสัยในตัวอัยราว่าอาจจะมีส่วนรู้เห็นในการก่อการร้ายครั้งนี้ นราธิปจึงอาสาที่จะสืบหาความจริงจากตัวอัยรา

หลังจากที่มัสยาถูกยิงมัสยาได้รับความช่วยเหลือจาก รุ่งรวี(สรวงสุดา ลาวัณย์ประเสริฐ) ซึ่งเป็นเจ้าของแกลอรี่ที่มัสยามักจะนำรูปวาดจากผลงานของเธอไปฝากขาย ทำให้รุ่งรวีรู้ว่ามัสยาเป็นสมิงสา ในอดีตรุ่งรวีเคยเป็นสมิงสาเช่นเดียวกับมัสยาและเป็นคนรักของศตายุ แต่รุ่งรวีต้องการใช้ชีวิตอย่างคนปกติจึงออกจากองค์กร

มัสยาถูกศตายุตำหนิที่ฆ่าปฐวีไม่สำเร็จ ชานนท์อัยราเขมิกาและนัทมนสงสารมัสยาจึงขอช่วยมัสยาฆ่าปฐวี แต่ศตายุไม่ยอม ทำให้ทุกคนเกิดคำถามและสงสัยว่าทำไมศตายุจึงต้องการให้มัสยาฆ่าปฐวีเพียงคน เดียว

นราธิปเริ่มคบหากับอัยราทำให้สิงหาได้พบกับมัสยาและเมื่อใกล้ชิดสิงหาก็พบ ว่ามัสยามีความเกลียดชังในตัวเขาโดยที่เขาไม่เข้าใจ จนกระทั่งวันหนึ่งสิงหาแอบติดตามมัสยาไป และเมื่อมัสยารู้ตัวเธอจึงแสดงให้สิงหารู้ว่าเธอต้องการฆ่าเขา สิงหาจึงเริ่มปะติดปะต่อเรื่องตั้งแต่ครั้งแรกที่ได้เจอเธอจนรู้ว่ามัสยา เป็นพวกสมิงสา เช่นเดียวกับนราธิปเมื่อคบกับอัยราเขาจึงรู้ว่าเธอคือกลุ่มโจรสมิงสาเช่น เดียวกัน

มัสยาเริ่มสงสัยในคำสั่งของศตายุที่ต้องการให้เธอฆ่าปฐวี มัสยาจึงเริ่มสืบและพบว่าตัวเองเป็นลูกสาวนายกปฐวี มัสยาตกใจและคาดไม่ถึงว่าศตายุจะขโมยเธอมาจากครอบครัวเพื่อให้เธอฆ่าพ่อของ ตัวเอง เพราะมัสยารักและเคารพศตายุเหมือนพ่อแท้ ๆ

นราธิปขอให้อัย รากลับตัวเป็นคนดีและให้ข้อมูลเกี่ยวกับสมิงสากับตำรวจ อัยรานำเรื่องมาปรึกษามัสยา แต่มัสยาไม่รับปากเพราะคิดที่จะแก้แค้นศตายุ อัยราจึงบอกให้สิงหารู้

สิงหาเป็นห่วงมัสยาและสารภาพว่ารักเธอ แต่มัสยาไม่ตอบรับคำและยืนยันที่จะฆ่า
ศตา ยุ สิงหาบอกให้นายกปฐวีรู้ว่ามัสยาเป็นลูกสาว เมื่อเนติยารู้ว่ามัสยาเป็นลูกสาวแท้จริงของนายก เนติยาจึงวางแผนกำจัดมัสยาโดยบอกให้ผู้การจีระวุธ (จักรกฤษณ์ อำมรัตน์) และสารวัตรอยุตต์ (พศิน เรืองวุฒิ) ซึ่งเป็นคู่ปรับกับสิงหาได้รู้เพื่อวางแผนจับ แต่สิงหามาช่วยมัสยาไว้ได้และพาหนีทำให้มัสยาซึ้งในความรักที่สิงหามีต่อเธอ

มัสยาแค้นศตายุ บุกเดี่ยวไปฆ่า แต่โดนศตายุจับตัวไว้เป็นประกัน ให้ปฐวีเอาตัวเองไปแลกกับลูกสาว สิงหากับตำรวจวางแผนบุกเข้าทลายค่ายสมิงสา พร้อมอัยรา โดยสองสาวนัทมน และเขมิกา กลับใจมาช่วยเพื่อน ทำให้สิงหาและมัสยา ฆ่าศตายุและชานนท์ได้ แต่มัสยาบาดเจ็บสาหัสเกือบตาย แต่สุดท้ายก็ปลอดภัย สี่สาวดีใจที่ได้กลับมาอยู่ร่วมกันอีกครั้งในฐานะพลเมืองดี เพราะให้ความร่วมมือกับตำรวจ ความรักของสิงหากับมัสยากำลังไปได้ดี รวมทั้งคู่ของนราธิปและอัยราด้วย

แต่เรื่องร้ายยังไม่จบสิ้น เพราะศตายุและชานนท์ยังไม่ตาย ทั้งคู่รักษาอาการบาดเจ็บจนหายแล้ววางแผนร้ายกลับมาฆ่าสี่สาวอีกครั้ง งานนี้ใครจะอยู่ใครจะไป ความรักของหนุ่มสาวสองคู่จะลงเอยอย่างไร ตามชมกันใน "รหัสทรชน"