ค่ำคืนหนึ่งในช่วงปิดภาคเรียนฤดูร้อน มานัตสึ ไดอิจิ ได้เห็นรุ้งประหลาดบนท้องฟ้าเหนือเกาะ Seed เขาเชื่อว่าเคยเห็นมาก่อน จากความตายของบิดา และได้พบเด็กชายและหญิงปริศนา เขาเลือกที่จะไปเกาะแห่งนั้น และได้พบเครื่องจักรที่เขียนไว้ว่า Earth Engine ในระหว่างเกิดการรุกรานโดยพวกหุ่นยนต์จากดาวยูเรนัสที่เรียกว่า Kil