อาเนโมเน่ เด็กหญิงที่สูญเสียพ่อไปในการต่อสู้ ณ กรุงโตเกียวเมื่อเจ็ดปีก่อนทำให้เธอต้องอยู่ตัวคนเดียวกับ กัลลิเวอร์ ตุ๊กตาของเธอ และมี AI โดมินิคิดส์ (Dominikids) เป็นที่พึ่งทางใจของเธอ อาเนโมเน่ เป็นปัจจัยหลักของหน่วยทดลองที่ใช้ชื่อว่า ‘แอซิด’ (Acid) เพื่อทำการต่อสู้กับยูเรก้าตัวที่เจ็ด ‘ยูเรก้าเซเว่น’ ศัตรูที่กวาดล้างมนุษยชาติไปแล้วกว่า 2,600 ล้านคน ในภาวะใกล้สูญสิ้นมนุษย์ที่เหลือฝากความหวังไว้กับอาเนโมเน่ ในขณะที่เธอดำดิ่งเข้าไปภายใน ยูเรก้าเซเว่น