หลังจากเหตุการณ์ในซีรีส์ทางโทรทัศน์เรื่อง "Gundam Wing" หนึ่งปี สันติภาพได้แพร่กระจายไปทั่ว Earth Sphere และอาณานิคม นักบินกันดั้มพบว่าพวกเขาพยายามสร้างชีวิตใหม่ในยุคใหม่นี้ พวกเขาไม่ต้องการอาวุธสงครามอีกต่อไป พวกเขาจึงส่งกันดั้มของพวกเขาไปยังดวงอาทิตย์เพื่อทำลาย แต่ทันใดนั้น เรเลน่า ดาร์เลียน ซึ่งกลายเป็นเจ้าหน้าที่ระดับสูงของรัฐบาล ถูกลักพาตัวโดยอาณานิคมที่มีความทะเยอทะยานที่จะครอบครองอำนาจทั้งหมด นักบินกันดั้มและพันธมิตรของพวกเขาพบว่าพวกเขาถูกเรียกให้กลับมาปฏิบัติภารกิจอีกครั้ง เพลง Endless Waltz ได้กลับมาเริ่มต้นอีกครั้ง...